Modele moye kotah zanane

La première série d`échantillons (ensemble 1) comprenait sept variétés aromatiques et deux de riz non aromatiques (tableau 2). Les échantillons ont été ensemencés dans MacKay Queensland, en saison estivale à partir de décembre 2013, et récoltés en avril 2014. Une deuxième série d`échantillons (ensemble 2) comprenait une population de cartographie d`association composée de plusieurs familles dérivées de croisements entre les variétés de l`ensemble 1 et des variétés australiennes à grains longs d`élite, ce qui donne une collection diversifiée de génotypes 380 (tableau S1). Ceux-ci ont été cultivés comme F7 RILs à la station de Leeton Field (Yanco, NSW), le programme australien de sélection du riz entre novembre 2013 et avril 2014. La gestion des champs, l`irrigation, les pesticides et les engrais ont suivi les pratiques commerciales typiques. Les plantes simples ont été étiquetées, une seule feuille de chacun a été conservée pour l`extraction d`ADN et le génotypage, et le grain de deux panicules a été recueilli pour le profilage de métabolomique. Sur les 380 échantillons, 39 n`ont pas produit suffisamment de grains pour le profilage métabolomique, ou ont eu des panicules non remplis en raison de la photopériode et/ou de la sensibilité au froid, ce qui donne un nombre final de 341 échantillons. Toutes les panicules ont été séchées à 14% d`humidité, puis le grain a été expédié à l`Université du Queensland comme Paddy pour minimiser toute libération éventuelle de composés volatils ou l`oxydation potentielle des lipides en endommageant le son. Les riz paddy ont été décortidés à l`aide d`un décorateur Otake (modèle FC2K, Aichi, Japon), et polis avec un moulin de Kett (Pearlest grain Polisher, Tokyo, Japon). Les riz avec du blanches ont été cryobroyés en poudre fine à l`aide d`un broyeur Geno (2010; Stanmore, Royaume-Uni). La farine de riz a été stockée à − 80 ° c jusqu`à l`analyse. . GWAS de 2AP et composés liés.

(A) distribution physique des SNP les plus significatifs du chromosome 8. Les marqueurs fonctionnels du FGR (diamants) surperformaient les SNP (S8_19555833) de MS pour chacun des cinq composés. Les lignes de raccordement (A, B) désignent la position du S8_19555833 (anciennement MS SNP, ligne rouge) et les SNPs les plus proches de FGR (SNPs S8_20311425 et S8_20408314, lignes bleues) par rapport à FGR (flèche orange). B) les haplotypes représentatifs de la population. Les globules rouges représentent des SNP identiques à la ligne aromatique KDML 105, les hétérozygotes sont représentés par des cellules semi-remplies, tandis que les données grises sont manquantes. Le nombre de lignes transportant chaque haplotype est indiqué dans le tableau. Asterisk désigne les haplotypes où les ruptures de liaison entre le MS SNP S8_19555833 ne sont pas prédictives de la présence ou de l`absence d`arôme, expliquant le score de LOD inférieur du SNP S8_19555833. (C) zoom avant de la région QTL sur le chromosome 1.

Les SNP les plus significatifs (MS SNPs) sont signalés en rouge. L`emplacement des gènes candidats est illustré par des lignes pointillées.